食品無塵車間廠房的內部設計和布局應滿足食品安全衛生操作要求，避免食品生產中發生交叉污染。食品無塵車間廠房的設計應根據生產工藝合理布局，預防和降低產品受污染的風險。一般來說，應根據產品特點、生產工藝、生產特性以及生產過程對清潔程度的要求合理劃分作業區，并采取有效分離或分隔。
在食品無塵車間的布局設計中，無塵廠房內設置的檢驗室應與生產區域分隔。食品無塵車間廠房的面積和空間應與生產能力相適應，便于設備安置、清潔消毒、物料存儲及人員操作。關于食品無塵車間建筑的內部結構和材料選用，應遵循以下原則：建筑內部結構應易于維護、清潔或消毒，應采用適當的耐用材料建造。
食品無塵車間廠房的頂棚，應使用無毒、無味、與生產需求相適應、易于觀察清潔狀況的材料建造。若直接在屋頂內層噴涂涂料作為頂棚，應使用無毒、無味、防霉、不易脫落、易于清潔的涂料。頂棚應易于清潔、消毒，在結構上不利于冷凝水垂直滴下,防止產生蟲害和霉菌。蒸汽、水、電等配件管路應避免設置于暴露食品的上方，如果因為生產需要，一定要設置，應有能防止灰塵散落及水滴掉落的裝置或措施。
食品無塵車間廠房的墻壁設計，墻面、隔斷應使用無毒、無味的防滲透材料建造，在操作高度范圍內的墻面應光滑、不易積累污垢且易于清潔。若使用涂料，應無毒、無味、防霉、不易脫落、易于清潔。墻壁、隔斷和地面交界處的結構應該合理、易于清潔，能有效避免污垢產生和積存。
